Los estudios de transcriptómica permiten conocer los diferentes transcritos presentes en una muestra, así como la expresión génica diferencial a partir de la secuenciación de RNA (RNA-Seq). Todos los análisis de los datos generados a partir de transcriptómica incluyen control de calidad de las secuencias obtenidas a partir de la secuenciación, mapeado de las lecturas frente a un genoma de referencia, cuantificación de las lecturas obtenidas, estudios de expresión diferencial entre grupos y/o análisis de rutas de expresión. Estos análisis los podemos realizar a partir de los datos brutos obtenidos de estudios de: