La metagenómica se define como el estudio genómico de los microorganismos presentes en un determinado medio y que forman una comunidad o población. Sus aplicaciones son amplias, desde aplicaciones biotecnológicas como en la industria alimentaria, en la farmacéutica o en la agricultura hasta aplicaciones clínicas como el estudio del microbioma intestinal e identificación de patogenos en un medio, biofluido, etc.
  • Secuenciación del gen de 16S rRNA
  • El gen del rRNA 16S es un locus característico de procariotas (bacterias y arqueas) que codifica para la subunidad pequeña ribosomal. Está formado por 1500 pb donde se encuentran regiones hipervariables (V1-V9) intercaladas entre regiones conservadas. El estudio de las regiones más variables (V3-V4) es una herramienta molecular potente cuya finalidad es diferenciar entre taxones y establecer una filogenia dentro de una comunidad microbiana heterogénea. Es una técnica sencilla que permite el análisis de toda la comunidad microbiana sin necesidad de cultivo.
  • Secuenciación del gen de 18S rRNA/ITS
  • El rRNA 18S es un componente de la subunidad pequeña de los ribosomas de eucariotas. Las ITS (ITS1 e ITS2) son regiones espaciadoras internas adyacentes al gen de rRNA 18S. Secuenciar tanto el gen de rRNA 18S como ITS1 e ITS2 permite una cobertura completa de la región génica y permite clasificar organismos eucariotas, especialmente hongos.
  • Secuenciación del genoma completo o metagenoma (shotgun)
  • Esta estrategia analiza todo el genoma presente en una mezcla de microorganismos
    • Permite analizar todos los microorganismos presentes en una muestra, así como conocer su proporción
    • Aplicaciones, como por ejemplo, identificar diferentes cepas dentro de una misma especie, identificar microorganismos nuevos o identificar microorganismos imposibles o difíciles de cultivar
  • Secuenciación de virus
  • Conocer la secuencia íntegra del genoma vírico es una herramienta importante en la investigación sobre virus. En ocasiones, el material genético de los virus no puede purificarse o extraerse respecto del huésped. Esto hace que se deban aplicar diferentes estrategias para la secuenciación del material genético vírico.
    • Las aplicaciones de este servicio van desde identificar la presencia de determinados virus, identificar cepas y variantes, identificar nuevos virus o el estudio de virus no cultivables.
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